สำนักเครื่องมือวิทยาศาสตร์และการทดสอบใช้แนวทางตามเกณฑ์ TQA และใช้เครื่องมือต่างๆ เช่น BSC (Balance Scorecard) ระบบคุณภาพ ISO 9001 ISO/IEC 17025 PDCA (Plan Do Check Act) Lean Kaizen รวมถึง 5 ส ในการปรับปรุงผลการดำเนินการ นอกจากนั้นยังมีระบบการจัดการด้านความปลอดภัย ของห้องปฏิบัติการที่เกี่ยวกับสารเคมี (มอก. 2677-2558) โดยมีขอบเขตการได้รับการรับรองตามมาตรฐานสากล เพื่อให้ลูกค้ามีความมั่นใจในผลการทดสอบ มีดังนี้
ใบรับรอง ISO/IEC 17025 การทดสอบน้ำ และน้ำเสีย
